Two or more Web modules defined in the configuration have the same context root (/you will need to remove the duplicate(s).

El error es causado por que dentro del servidor existe un proyecto ya inicializado, si estas en eclipse, ve a la pestaña de Servers que aparece en el menu inferior, haz clic en el server que deseas iniciar, en el "+" y elimina el proyecto que aparece ahi.

Vuelve a iniciar el server con start> y listo, ya tienes de nuevo el server corriendo de maravilla.