WARNING: PWC4011: Unable to set request character encoding to UTF-8 from context , because request parameters have already been read, or ServletReques

Este problema se debe a que las lineas del archivo: sun-ejb-jar.xml estan desabilitadas

Y tambien debido a que el .ear que estas desplegando no tiene un correcto archivo de Despligue que el servidor Glassfish reconozca.

Solución

Crear un nuevo proyectoEJB , pegar las carpetas del EJB anterior

Crear un EAR y agregar el proyecto EJB anterior actualizando el archivo descriptor de despliegue.